与此同时，僖宗行在暗中遣使，秘密招安朱玫麾下最得力、最精锐的爱将王行瑜，密传诏书，许诺若其率众反正、诛杀朱玫、匡复朝廷，必破格重用、厚加爵赏。王行瑜本就对朱玫另立伪帝、逆天篡命的行为心存疑虑，又见天下藩镇皆不认可建贞伪朝、大势已去，遂心生反意、决意归正。

光启二年（886年）十二月，王行瑜在长安城中突然发动兵变，率部突袭衙署，当场斩杀朱玫及其心腹党羽数百人，一举平定长安篡逆之乱。可叛军虽平，军纪已然彻底败坏，王行瑜麾下士卒入城之后，无人约束、肆意妄为，再度在残破的长安城中纵兵大肆剽掠屠戮，京城百姓再遭浩劫。

是年冬日极寒，天降大雪，长安城九衢街巷尽数被厚雪覆盖，苦寒凛冽、数日不融。王行瑜兵变入城当夜，风雪更盛、寒气刺骨，凛冽寒风裹挟冰雪席卷全城。历经数次兵火焚掠、屡遭洗劫的长安城，百姓流离失所、无衣无食、无家可归，战乱屠戮幸存者，又遭极寒侵袭，无数老弱百姓冻毙街头，僵冻死尸横陈满地、遮蔽街巷，惨状触目惊心，百年帝都沦为人间炼狱。

朱玫败亡之后，伪朝百官惊惧逃亡，一众追随襄王李煴篡位的朝臣簇拥李煴仓皇出逃，奔赴河中投奔王重荣。王重荣表面佯装恭顺、列队迎奉，假意接纳伪帝归降，实则早奉僖宗密旨，设下埋伏，当场擒获襄王李煴。为彻底终结二帝并立的乱象、向僖宗表忠心，王重荣当即斩杀李煴，将其首级函封，遣使快马送至兴元僖宗行在，彻底平定这场襄王篡逆的政治/风波。

长安伪朝之乱彻底平息后，朝堂开启清算整肃，曾依附朱玫、拥立伪帝的官员大多被诛杀贬谪，朝局经历一轮血腥洗牌。祸乱首恶田令孜彻底失势，众叛亲离、人人唾弃，最终被朝廷下诏贬斥流放，横行晚唐数十年的宦官权奸一朝倒台。

外患内乱尽数平息，政局暂归安稳，颠沛流离许久的唐僖宗，终于萌生重返长安、重整朝纲的念头。光启三年（887年）三月，僖宗车驾自兴元启程，缓缓返还京师。可队伍行至凤翔地界时，坐镇凤翔的节度使李昌符心生私念，不愿天子回京重掌大权、制约藩镇，便以长安宫室残破焚毁、尚未修缮完工、无法安居帝王为由，强行阻拦车驾，将僖宗一行滞留凤翔，不许前行，天子再度被藩镇变相软禁。

滞留凤翔数月，君臣动弹不得。直至六月，朝廷扈驾的天威军士卒与李昌符麾下镇兵因摩擦积怨，矛盾彻底爆发，两军当众对峙、聚众火拼，兵戈相向、死伤无数。冲突彻底激化后，李昌符索性撕破脸面，悍然出兵围攻僖宗临时行宫，意图再次劫持天子、掌控朝政。

危急关头，扈驾禁军拼死护驾、奋力反击，大败李昌符叛军。李昌符兵败势穷、自知罪责难逃，仓皇弃城出逃，奔往陇州。僖宗随即下诏，命扈驾都将李茂贞率军追击讨伐，穷追残寇、肃清叛乱。七月，李茂贞大破残军，擒获李昌符并将其斩首，凤翔之乱彻底平定，阻碍天子回京的最后一股藩镇势力被剿灭。

数年之间，两度弃京奔逃、屡遭兵祸胁迫、屡见杀戮动荡、日日惊惧不安的颠沛生涯，彻底摧垮了唐僖宗原本孱弱的身心。常年流离惊恐、忧惧郁结、饮食不调、寝食难安，加之目睹江山破碎、生灵涂炭、社稷倾颓的无尽悲怆，年仅二十余岁的僖宗身心俱疲、百病缠身，身体彻底垮塌。

光启四年（888年）二月，缠绵病榻、体弱多病的唐僖宗，拖着残破病躯，终于再度踏入满目疮痍的长安皇城。回京之后，他强撑病体，依礼拜谒李唐太庙，告慰列祖列宗，随后颁行大赦天下诏书，改元文德，意欲更新朝政、祈盼天下安宁，为满目疮痍的王朝求得一丝生机。

奈何天命已尽、大势难回。仅仅一月之后，文德元年（888年）三月三日，久病虚弱的僖宗突发暴疾，病情骤然危重、药石无医。

文德元年三月六日，历经半生嬉乐、数年颠沛流离、亲眼见证大唐由崩坏走向覆灭深渊的唐僖宗李儇，崩于长安皇宫武德殿，年仅二十七岁。

纵观其一生，少年即位、耽于嬉乐、委政宦官，亲手酿成黄巢大乱、天下分裂，半生漂泊、数次弃京逃难，一生昏聩、终致国势倾颓。所幸乱世流离之中，他终究得以叶落归根，是晚唐乱世中少数崩于京师正殿、寿终皇宫的帝王，未曾殒命荒野、未死流亡途中。同年十二月，唐僖宗归葬靖陵，陵寝坐落于今陕西乾县铁佛镇南陵村，这位葬送大唐盛世、开启五代乱世的末代昏君，最终归于黄土，而风雨飘摇、名存实亡的大唐王朝，也自此步入最后的残烛余晖，覆灭之日已然不远。